La sécurisation du processus des alertes sanitaires (AS) relatives aux produits de santé nécessite une gestion spécifique définie a priori, formalisée et adaptée à l’organisation de l’établissement de santé. Notre étude visait à évaluer la performance de cette gestion au niveau d’un centre hospitalier universitaire multisites disposant de cinq pharmacies à usage intérieur (PUI), afin de proposer si nécessaire des actions correctives concrètes. Méthode. Cette étude réalisée en octobre 2007 a combiné une analyse a priori du processus, des risques associés et de la gestion documentaire correspondante, à une démarche a posteriori constituée d’un audit organisationnel et des pratiques. La performance globale du système a été évaluée selon quatre axes : l’activité, la conformité, le coût et le risque. Résultats. La gestion des AS se faisait de manière autonome, non coordonnée, au niveau des différentes PUI. Les démarches mises en place au niveau des PUI étaient très proches. La charge de travail globale au niveau des pharmacies était respectivement de 193, 346 et 214 min pour une AS sur un produit non référencé, sur un produit référencé avec stock et sur un produit référencé sans stock. L’analyse initiale du processus « Alertes sanitaires » a permis de dégager la nécessité de traiter de manière différente les alertes selon leurs niveaux de risque. Conclusion. Les propositions d’harmonisation du traitement des AS portent sur l’envoi ou non de notes pour les produits non référencés et la graduation du risque, complétées par une sensibilisation des services de soins sur l’importance des retours d’information.